Анализ пространственных мультиомных данных
-
Полезные библиотеки PythonNicheCompass - пакет для анализа пространственных мультиомных данных (spatial multi-omics) с акцентом на выявление «нишевых» клеточных сообществ и межклеточных коммуникаций. Он позволяет строить пространственный атлас тканей, определять, какие типы клеток находятся рядом и как они взаимодействуют, и создавать визуализации на основе графовых и эмбеддинговых методов.
Особенности библиотеки:
- Поддерживает Python 3, пакет опубликован на PyPI: версия 0.3.0 на 7 августа 2025.
- Использует фреймворки для графовых данных (например, PyG) и AnnData — удобно, если работаешь с биоинформатикой или анализом клеточных микросред.
Установить:
pip install nichecompassДокументация тут - https://pypi.org/project/nichecompass/
Здравствуйте! Похоже, вас заинтересовала эта беседа, но у вас ещё нет аккаунта.
Надоело каждый раз пролистывать одни и те же посты? Зарегистрировав аккаунт, вы всегда будете возвращаться на ту же страницу, где были раньше, и сможете выбирать, получать ли уведомления о новых ответах (по электронной почте или в виде push-уведомлений). Вы также сможете сохранять закладки и ставить лайки постам, чтобы выразить свою благодарность другим участникам сообщества.
С вашими комментариями этот пост мог бы стать ещё лучше 💗
Зарегистрироваться Войти© 2024 - 2026 ExLends, Inc. Все права защищены.